能源审计是一套科学的、系统的和操作性很强的程序，这套程序引用了如下原理方法：物质和能量守恒原理、分层嵌入原理、反复迭代原理、穷尽枚举原理。
物质和能量守恒原理：物质和能量守恒这一大自然普遍遵循的原理，是能源审计中尤为重要的一条原理，开展能源审计，是进行能源审计的重要工具。在获得被审计用能单位的资料后，可以测算能源投入量、产品的产量，在此期间建立一种平衡，则将大大有助于弄清用能单位的能源管理水平及其物质能源的流动去向，帮助发现用能单位的能源利用瓶颈所在。物质和能量守恒这种工具是对用能单位用能过程进行定量分析的一种科学方法与手段，是用能单位能源管理中一项基础性工作和重要内容，开展用能单位能源审计必须借助这一原理。
审计形式：能源审计根据委托形式一般分为两种：（1）受节能主管部门委托的形式省或地方节能主管部门根据本地区能源消费的状况，结合年度节能工作计划，负责编制本省（市）、自治区或地方的能源审计年度计划，下达给有关用能单位并委托有资质的能源审计监测部门实施。这种形式的能源审计也可称为监管能源审计。
能源审计主要包括策划与组织、现场诊断、现状及节能分析、报告编写及定稿四个流程。1、策划与组织：策划与组织是开展能源审计工作的关键阶段，通过沟通、培训使企业负责人、设备管理人员及员工对能源审计及能源管理工作形成初步认识，消除思想上和观念上的障碍；了解用能单位能源审计的工作内容、要求以及工作程序。取得高层的支持和参与，组建能源审计小组，制订能源审计工作计划。
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